高新技術企業一旦在高新資格檢查工作中被發現問題，特別是面臨著被稅務機關追繳稅款、征收滯納金甚至處以罰款的風險時，應該如何應對呢？這時，企業雖然可能處于不利地位，但并非無可作為；相反地，企業此時更應積極地進行準備 、有的放矢地進行應對。就此，對企業的相關建議如下：

企業應當重新審視和梳理與高新技術企業認定條件有關的事實情況 ,如參與硏發活動的人員構成和篩選、符合條件的研發費用的歸集、高新技術產品（服務）和主要產品（服務）收入的計算等，并根據梳理的事實結果對自身的問題有一個清楚定位：到底是實質上不符合高新技術企業認定條件，還是符合高新認定條件但是在與認定條件相關的管理和歸集工作上不規范？如果是后者，如前所述并不必然 導致高新技術企業資格被取消，因此企業應當積極、主動地與稅務機關進行溝通和解釋，爭取有利的處理結果。

當高新技術企業收到稅務機關的相關稅務事項通知書或者處罰決定書時，首先應當判斷稅務機關做出的處理或者處罰是否在其職權范圍內,例如：稅務機關無權直接否定企業的高新技術企業資格；其次，企業應分析所受處罰是否與自身問題相匹配，例如：自身問題是否屬于稅務機關追繳稅款的情況、是否屬于偷稅行為從而應被處以罰款；

除此之外，還應判斷被追繳稅款的年度是否符合相關規定，依據國家稅務總局公告2017年24號的規定，稅務機關僅應追繳高新技術企業證書有效期內自不符合認定條件年度起已享受的稅收優惠 ；

當企業受到與高新技術企業資格有關的處罰時，應當了解的是，該項處罰在法律性質上屬于行政處罰。如果企業認為該項處罰不合法，行政機關在執法過程中可能存在程序上或者實體上的瑕疵，其可以采取行政復議、行政訴訟等手段維護自身的合法權益。

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